Специалисты компании Abbott выделили несколько штаммов ВИЧ в отдельный
новый подтип. Это первое изменение в классификации линий ВИЧ с момента
ее создания. Новый подтип L распространен в основном в Конго, хотя
точной информации об этом нет. Нет также и причин считать, что он более
опасен, чем остальные, давно известные подтипы. Исследование
опубликовано в журнале Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes.
Считается, что вирус иммунодефицита человека появился в Демократической Республике Конго в 1920-х годах. С тех пор он эволюционировал и разделился на несколько вариантов, в разной степени опасных, заразных и устойчивых к лечению. Выделяют два основных типа вируса: ВИЧ-1, самый распространенный и опасный, и ВИЧ-2, который встречается реже и менее вирулентен. Внутри этих типов вирусы делятся на группы, а внутри групп — на подтипы, в зависимости от сходства последовательностей их генома.
Современные правила классификации гласят, что для выделения штамма ВИЧ в отдельный подтип необходимо обнаружить его у трех людей, которые точно не могли заразиться друг от друга, то есть в трех независимых местах. В 1983 и 1990 годах ученые уже обнаруживали в Конго два образца вируса, которые не укладывались в существовавшие на тот момент подтипы. Они были генетически равно далеки от наиболее близких своих родственников — подтипов H и J — и ученые предположили, что они могут относиться к новому подтипу L. Но для подтверждения не хватало третьего независимого образца.
На роль подтверждения претендовал образец CG-0018a-01, который медики получили в 2001 году, он тоже из Конго. Результаты секвенирования отдельных частей генома указывали на то, что он мог бы принадлежать к подтипу L. Однако концентрация вирусных РНК в крови больного была недостаточно высока для точного секвенирования, поэтому исследователи не решились сделать однозначное утверждение.
Сейчас к исследованию подключилась компания Abbott, которая уже 25 лет занимается поиском разных вирусных штаммов по всему миру и секвенированием их генома. В 2018 году группа ученых под руководством Мэри Роджерс (Mary Rogers) разработала метод, который позволяет работать даже с низкими концентрациями вирусных РНК.
Суть метода в том, чтобы повысить концентрацию вирусных последовательностей в растворе, игнорируя все возможные примеси (например, собственной ДНК человека или других патогенов). Для этого на основе всей РНК образца строят копию ДНК, затем ее разбивают на отдельные фрагменты и добавляют в раствор, где уже содержится помеченная вирусная ДНК известной последовательности. ДНК вируса из образца образует гибриды с меченой ДНК, которые можно отсортировать. А зачем с помощью полимеразной цепной реакции ученые многократно копируют вирусную ДНК — и получают достаточное количество копий для секвенирования.
С помощью своей методики исследователи обработали образец CG-0018a-01. Они обнаружили в нем, помимо ВИЧ, следы присутствия вируса гепатита. Также исследователи подтвердили, что штамм ВИЧ относится к подтипу L. Теперь его официальное место в классификации звучит так: ВИЧ-1, группа М, подтип L. Кроме того, вирус из последнего образца оказался предковым по сравнению с вирусами 1983 и 1990 годов.
Подтип L — это первое изменение в классификации штаммов ВИЧ с момента установления этой классификации в 2000 году. Однако сам факт обнаружения нового подтипа пока не имеет большого значения для эпидемиологии: судя по всему, он встречается нечасто и в основном распространен на территории Конго. К тому же, в образце не нашли мутаций, которые могут сделать вирус устойчивым к терапии, поэтому особенной угрозы он сейчас, скорее всего, не представляет.
Тем не менее, поскольку до сих пор подтип L не был признан официально, последовательности образцов 1983 и 1990 годов не были включены в список референсных геномов, с которыми сравнивают новообнаруженные штаммы. А значит, по миру могут циркулировать и другие представители вируса иммунодефицита человека подтипа L.
Антиретровирусная терапия помогает не всем пациентам, поэтому ученые продолжают поиски новых способов борьбы с вирусом. Среди них — биоразлагаемые имплантаты с лекарством, которые можно вводить под кожу, или система генетического редактирования, которая призвана вырезать копии ВИЧ из генома клеток. В то же время, известна защитная мутация, которая делает клетки устойчивыми к проникновению вируса, и недавно ученые сообщили о третьем пациенте, у которого мутантные клетки от донора прижились в организме, а также о первом человеке, которому пересадили собственные клетки с искусственно внесенной мутацией.
Считается, что вирус иммунодефицита человека появился в Демократической Республике Конго в 1920-х годах. С тех пор он эволюционировал и разделился на несколько вариантов, в разной степени опасных, заразных и устойчивых к лечению. Выделяют два основных типа вируса: ВИЧ-1, самый распространенный и опасный, и ВИЧ-2, который встречается реже и менее вирулентен. Внутри этих типов вирусы делятся на группы, а внутри групп — на подтипы, в зависимости от сходства последовательностей их генома.
Современные правила классификации гласят, что для выделения штамма ВИЧ в отдельный подтип необходимо обнаружить его у трех людей, которые точно не могли заразиться друг от друга, то есть в трех независимых местах. В 1983 и 1990 годах ученые уже обнаруживали в Конго два образца вируса, которые не укладывались в существовавшие на тот момент подтипы. Они были генетически равно далеки от наиболее близких своих родственников — подтипов H и J — и ученые предположили, что они могут относиться к новому подтипу L. Но для подтверждения не хватало третьего независимого образца.
На роль подтверждения претендовал образец CG-0018a-01, который медики получили в 2001 году, он тоже из Конго. Результаты секвенирования отдельных частей генома указывали на то, что он мог бы принадлежать к подтипу L. Однако концентрация вирусных РНК в крови больного была недостаточно высока для точного секвенирования, поэтому исследователи не решились сделать однозначное утверждение.
Сейчас к исследованию подключилась компания Abbott, которая уже 25 лет занимается поиском разных вирусных штаммов по всему миру и секвенированием их генома. В 2018 году группа ученых под руководством Мэри Роджерс (Mary Rogers) разработала метод, который позволяет работать даже с низкими концентрациями вирусных РНК.
Суть метода в том, чтобы повысить концентрацию вирусных последовательностей в растворе, игнорируя все возможные примеси (например, собственной ДНК человека или других патогенов). Для этого на основе всей РНК образца строят копию ДНК, затем ее разбивают на отдельные фрагменты и добавляют в раствор, где уже содержится помеченная вирусная ДНК известной последовательности. ДНК вируса из образца образует гибриды с меченой ДНК, которые можно отсортировать. А зачем с помощью полимеразной цепной реакции ученые многократно копируют вирусную ДНК — и получают достаточное количество копий для секвенирования.
С помощью своей методики исследователи обработали образец CG-0018a-01. Они обнаружили в нем, помимо ВИЧ, следы присутствия вируса гепатита. Также исследователи подтвердили, что штамм ВИЧ относится к подтипу L. Теперь его официальное место в классификации звучит так: ВИЧ-1, группа М, подтип L. Кроме того, вирус из последнего образца оказался предковым по сравнению с вирусами 1983 и 1990 годов.
Подтип L — это первое изменение в классификации штаммов ВИЧ с момента установления этой классификации в 2000 году. Однако сам факт обнаружения нового подтипа пока не имеет большого значения для эпидемиологии: судя по всему, он встречается нечасто и в основном распространен на территории Конго. К тому же, в образце не нашли мутаций, которые могут сделать вирус устойчивым к терапии, поэтому особенной угрозы он сейчас, скорее всего, не представляет.
Тем не менее, поскольку до сих пор подтип L не был признан официально, последовательности образцов 1983 и 1990 годов не были включены в список референсных геномов, с которыми сравнивают новообнаруженные штаммы. А значит, по миру могут циркулировать и другие представители вируса иммунодефицита человека подтипа L.
Антиретровирусная терапия помогает не всем пациентам, поэтому ученые продолжают поиски новых способов борьбы с вирусом. Среди них — биоразлагаемые имплантаты с лекарством, которые можно вводить под кожу, или система генетического редактирования, которая призвана вырезать копии ВИЧ из генома клеток. В то же время, известна защитная мутация, которая делает клетки устойчивыми к проникновению вируса, и недавно ученые сообщили о третьем пациенте, у которого мутантные клетки от донора прижились в организме, а также о первом человеке, которому пересадили собственные клетки с искусственно внесенной мутацией.